Der Zethner See liegt in der Mecklenburgischen Seenplatte südlich von Mirow im Süden Mecklenburg-Vorpommerns, nahe der Grenze zu Brandenburg. Er ist der südwestlichste See der südlich von Mirow befindlichen Seenkette aus Zotzensee, Mössensee, Vilzsee, Zethner See und Schwarzer See.